برطبق تمناى قلبى كه از مدتى داشت به تاريخ هيجدهم ماه مبارك رمضان سنهء تسع و خمسين بعد الالف و المائتين ( 1259 ) به رحمت حق پيوست . مدت عمر شريفش پنجاه و هشت سال و يازده ماه بود . قبر شريفش در آن مكان ملائك آشيان در پهلوى قبر مقدس جناب آقا سيد محمد بن آقا سيد على طباطبائى واقع است ، و مولانا سيد ابراهيم حايرى كه از علماى عاملين و من‌جملهء قاطنين و ساكنين آن بقعهء طيبه و مقام كريم بود خطى مشتمل بر خبر وفات آن جناب به خدمت جناب سيد العلماء - طاب ثراه - نوشته بود و در تسليت و تعزيت آن جناب چيزى از اشعار هم در آن درج فرمود كه من‌جملهء آن اين بيت بود : و ما الدهر الا محنة و بلية * تنوب و ابناء الزمان نيام بعد از ملاحظهء خط مزبور ، جناب سيد العلماء - طاب ثراه - خطى كه به جواب خط مذكور قلمى داشته بعض عباراتش ثبت نموده مىشود : « اما بعد فقد وافى الينا كتاب من جنابك المستطاب مخبرا بمصاب يا له من مصاب و اقلقنا بوفاة السيد الممجد المكرم المعظم ، الاخ الاقوم السيد على - اعلى اللّه مقامه و زاد اكرامه - كما ختم له بالشرف و اقبره بالموضع الاشرف و قد و اللّه هطلت العبرات على الخدود لهذه الرزية المفتتة للكبود و ارتحل السرور و انكسرت الظهور و يحق لنا ذلك فلقد كنا نحن نحنّ الى لقاء محيّاه دائما و نترقب ايابه سالما غانما فكان قد كان يوم توديعه عند تأهبه للسفر هو اليوم الذى زرته فيه عائدا له و هو محتضر و هكذا الزمان يمضى على الغير و ما للدهر من وفاء ، و على الدنيا بعده العفا فانا للّه و انما اشكو بثى و حزنى الى اللّه و لا حول و لا قوة إلّا باللّه و مما جرى على لسان القلم اقتفاء بيراعك الاقوم . عيون المنايا لا تنام هنيئة * و لكن ابناء الزمان نيام و ناع اتانا من طفوف حسين * فلم يبق فينا راحة و جمام نعى سيدا حبرا عليا ممجدا * له فى جواد المصطفين مقام اتى حائرا من بعد ما ظل حائرا * فنومته نوم الحمام جمام غريب كئيب نازح عن دياره * عليه من اللّه السلام سلام كتاب اتانى ناعيا و هو ناصح * ففيه شفاء لى و منه سقام و قد اسبلت تلك العبائر عبرتى * و فكرت فيها و الدموع سجام لعمرى انّ الرزء و الحزن و الاسى * جليل و باللّه الجليل عصام مزار بعيد و الجسوم ضعيفة * فصبر جميل و السلام ختام و اكثرى از علما و فضلاى كربلاى معلى در [ رثاى او ] مرثيه و قصايد فرموده‌اند كما يستفاد من خط السيد ابراهيم المذكور ، و جناب مولانا العلامة السيد محمد عباس الشوشترى در تاريخ وفاتش اين قطعه انشاد فرموده :